De Spaanse Waterhond verliest zeer weinig haar en kent niet de tweejaarlijkse ruiperiode die andere honden wel hebben. Geen enkele hond is echt hypo-allergeen, maar mensen met een allergie reageren vaak minder heftig op de vacht van een Spaanse Waterhond dan op die van verharende rassen.
De vacht van een Spaanse Waterhond is van een dusdanige structuur dat het weinig water vasthoudt, de honden drogen dan ook over het algemeen zeer snel weer op.
De vacht van de Spaanse Waterhond wordt niet gekamd of geborsteld. De onder- en bovenvacht van groeien in elkaar waardoor klitten/strengen ontstaan. Vaak gaat dit redelijk vanzelf, vooral als de hond veel zwemt, soms moeten de klitten uit elkaar worden gescheurd (indien nodig), zodat er strengen ontstaan en de vacht niet gaat vervilten. Vooral als men de vacht langer wil laten, zal dit uit elkaar scheuren vaker moeten gebeuren.
Omdat de Spaanse Waterhond geen haren verliest en de vacht het hele jaar doorgroeit, wordt de vacht ongeveer één tot twee keer per jaar geschoren of geknipt. Dit mag vaker, al naar gelang de persoonlijke voorkeur. Scheren of knippen gebeurt niet esthetisch, maar alles gaat op 1 lengte.
De eerste keer dat de hond geschoren wordt is op een leeftijd van ongeveer 4 tot 6 maanden. Dit gebeurt om de puppyvacht kwijt te raken.
De vacht groeit met ± 1cm per maand en wordt op één lengte afgeschoren (of geknipt). Er wordt geen model aangebracht in de vacht (zoals bij een poedel). Honden die naar tentoonstellingen gaan moeten een minimum vachtlengte van 3 cm hebben en een maximale lengte van 15 cm.
De hond kan in elk jaargetijde geschoren worden. Het enige waarop gelet moet worden is zonnebrand. Een hond die net geschoren is moet, net als de mens na de winterperiode, niet te lang in de brandende zon verblijven. Als de hond geschoren wordt, moet men niet vergeten dat de haren tussen de voetzooltjes ook geknipt moeten worden. In de winterperiode is het sowieso verstandig deze haren te knippen, omdat zich in deze haren ijs kan verzamelen en dit kan wondjes veroorzaken bij de gevoelige voetzooltjes.
Als je een bruine hond hebt en deze scheert, dan is de kans groot dat de vacht na het scheren een andere kleur heeft dan daarvoor. Dit kan bijtrekken naarmate de vacht weer langer wordt, maar het kan ook zijn dat de vachtkleur blijvend verandert. Bij een lichte of een zwarte hond blijft de vacht na het scheren zijn eigen kleur behouden. Een zwarte hond kan onder invloed van zon en water wel bruin opkleuren. Dit zien we vooral op langere vacht.
Let ook op de oren, de haren in het oor groeien namelijk ook door. Hierdoor kunnen haarproppen in de oren ontstaan waar viezigheid in kan blijven hangen en er broei kan ontstaan. Deze warme omgeving is een ideale plek voor oormijt. Om te voorkomen dat viezigheid en eventueel oormijt in de oren terechtkomt, worden de haren uit de oren getrokken. Als je dit regelmatig doet, zijn het steeds maar kleine plukjes die eruit hoeven en is het niet pijnlijk voor de hond.
Ook aan de ogen moet soms wat extra aandacht worden besteed. Door de (vaak langere) vacht en de structuur die de vacht heeft blijft traanvocht (vaak samen met zand, stof, o.i.d.) in de ooghoeken zitten. Door het indrogen van dit vocht, ontstaan harde restjes bij de ooghoeken. Dit verwijder je door met de duim(nagel) en wijsvinger dit restje vast te pakken en uit de vacht te trekken. Als dit regelmatig gebeurt, vindt de hond dit geen probleem.
De Spaanse Waterhond komt voor in effen zwart, wit en bruin (van licht tot donker), tweekleurig; zwart met wit en bruin met wit. Daarnaast kennen we nog beige honden, beige is een door genen aangepaste kleur van zwart of bruin. Ook beige kan met wit voorkomen.
3-kleur en tan (zowel zwart en tan als bruin en tan) zijn niet toegestaan.